В январе 2016 года Балахничев и старший тренер сборной России Алексей Мельников по решению комиссии IAAF по этике были отстранены от любой деятельности, связанной с легкой атлетикой, из-за допинг-скандала вокруг российской спортсменки Лилии Шобуховой. В середине ноября Спортивный арбитражный суд (CAS) рассмотрел иск Балахничева к IAAF. Решение суда по этому делу ожидается в декабре.
«Реальных доказательств участия Балахничева и Мельникова в каких-то незаконных, 'серых' схемах нет. Есть только подозрения», - сказал Пацев.
Балахничева признали виновным в том, что по договоренности с Мельниковым и другими лицами он решил не привлекать к дисциплинарной ответственности российскую спортсменку Лилию Шобухову, нарушившую антидопинговые правила, если она заплатит за их молчание. Он также не сообщил в IAAF, что Шобухова перевела деньги Мельникову за продолжение выступлений. Кроме того, ему ставится в вину то, что он не предпринял действий по недопущению Шобуховой к участию в Олимпиаде-2012 в Лондоне и Чикагском марафоне - 2012.
Бывший глава ВФЛА не признает свою вину и не считает приведенные комиссией доказательства существенными. Он считает решение комиссии политически ангажированным.
Балахничев возглавлял ВФЛА с 1991 года. В 2015 году из- за многочисленных допинг-скандалов, связанных с российскими спортсменами, он покинул свой пост.